南方医科大学第五附属医院心胸血管外科成立于2018年5月，由新组建的心血管外科和原胸外科合并而成。展开床位19张，医生组四人。2018年5月8日我院心外科成功施行了第一台体外循环下的心脏直视手术，填补了从化地区心脏外科手术的空白。

科室配备有进口胸腔镜设备，体外循环机，呼吸机等先进设备，能够独立开展胸腔镜下胸科手术和体外循环下的各种心脏手术。主要包括：漏斗胸、鸡胸等各类胸壁畸形的手术治疗；胸部外伤的手术治疗，胸腔镜下肺部肿瘤、食道肿瘤的手术治疗；纵膈肿瘤、膈疝的手术治疗。儿童、成人先天性心脏病手术治疗；成人心脏瓣膜疾病手术，冠状动脉搭桥手术；主动脉夹层的手术治疗；心脏肿瘤切除手术；心脏外伤的手术救治。

我院心胸血管外科和广东省人民医院心研所、南方医院心胸外科、广东省第二人民医院胸外科、北京阜外医院、武汉亚心医院等国内多个心脏中心和胸外科建立了密切的技术联系，依托南医五院的三甲医院平台，逐步建成广州北部心胸血管外科救治中心。